江汉大学学报(自然科学版) ›› 2024, Vol. 52 ›› Issue (2): 46-55.doi: 10.16389/j.cnki.cn42-1737/n.2024.02.006
• 医学 • 上一篇
王晓晨1,陈 露1,刘 畅1,陈晓青1,李 芃2,邱文洪*1
WANG Xiaochen1,CHEN Lu1,LIU Chang1,CHEN Xiaoqing1,LI Peng2,QIU Wenhong*1
摘要: 目 的 筛选特应性皮炎皮损区的关键基因及对潜在的治疗药物的预测。方 法 从 GEO 数据库中获得 GSE193309 高通量测序数据,运用 R 语言进行差异表达基因筛选、GO 功能富 集分析和 KEGG 通路富集分析,并通过 String 网站进行蛋白互作网络(PPI)的构建;用 Cytoscape 软件中的插件 MCODE 进行模块分析,筛选出特应性皮炎皮损区的关键基因;基于 CIBERSORT 算法,对特应性皮炎皮损区与非皮损区的皮肤之间的免疫细胞进行差异分析,最后利用 Connectivity Map 预测可以减轻特应性皮炎皮损症状的潜在小分子化合物。结 果 本研究共筛选出 1 847 个 差 异 表 达 基 因 和 11 个 关 键 基 因 PI3、SPRR2B、LCE3C、LCE3E、SPRR1A、LCE3A、SPRR2A、 SPRR2F、SPRR1B、LCE3D 和 LCE5A。GO 分析共富集 962 个功能,包括免疫系统过程、白细胞 的激活、防御反应等;KEGG 分析共富集 64 条通路,差异表达基因与细胞因子-细胞因子受体相互 作用最相关。未活化的树突状细胞、M2 巨噬细胞和未活化的肥大细胞在表皮免疫微环境中占比 最高。预测出小分子化合物埃博霉素、苯甲酰喹、茚地那韦、KU-0063794、PI-103、头孢雷特、 氨 氯 地 平 、PI-828 可 作 为 减 轻 特 应 性 皮 炎 局 部 皮 损 的 潜 在 药 物 。 结 论 PI3、SPRR2B、 LCE3C、LCE3E、SPRR1A、LCE3A、SPRR2A、SPRR2F、SPRR1B、LCE3D 和 LCE5A 可能是特应 性皮炎皮损发生相关的关键基因,预测的 8 个小分子化合物可为后续的药物研发提供理论参考。
中图分类号: